La FSH, comme les autres hormones de l'hypophyse antérieure est une glycoprotéine formée par l'assemblage de deux chaînes d'acides aminés dénommées α ou a2 et β. La chaîne a2 est commune à toutes ces hormones. Il s'agit du fichier 1FL7 de la Protein Data Bank, simplifié (le fichier original est un dimère à 4 chaînes).
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Vous pouvez entrer les commandes dans la fenêtre de l'applet et presser la touche "Entrée", ou cliquer sur le bouton "Execute" (vous pouvez placer plusieurs commandes à la suite, si vous les séparez par des points-virgules). Alternativement, vous pouvez utiliser la console de l'applet (agrandissez la fenêtre de l'applet; la console se déplace dans la fenêtre de l'applet en la saisissant par sa barre supérieure).

Aide sur le langage de commande.

Commandes N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le curseur souris de bas en haut.

En cliquant (dans l'ordre !) sur les liens de la colonne de droite vous exécuterez les commandes affichées dans la colonne de gauche.
show sequence La séquence s'affiche dans la fenêtre de commande de Rasmol (pour voir le résultat de cette commande dans Jmol, il faut d'abord ouvrir la console :
Cette séquence représente la structure primaire.
'wireframe off
backbone 0.3
color chain
Cette coloration met en évidence les deux chaînes d'acides aminés constituant la protéine.
select *a
backbone off
Seule la chaîne β est affichée. C'est celle qui est spécifique de chaque gonadostimuline (la première commande sélectionne la chaine a ou α et la seconde la masque).
select *b
backbone off
cartoon on
color structure
Cette fois on sélectionne la chaine b ou β et les deux commandes suivantes font apparaitre la structure secondaire.
cartoon off
color white
dots on
L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire.
dots off
backbone 0.3
color chain
On réaffiche le squelette de la chaine β. La molécule présente des replis, comment sont-ils maintenus ?.
select cys
color cpk
wireframe on
spacefill 0.8
Les atomes des acides aminés cystéine sont visualisés en "mode sphère" rapport au reste de la molécule (sauf les hydrogènes non représentés); chaque cysténine a pour particularité de posséder un atome de soufre (ici coloré en jaune). Comment sont-ils disposés ?
set ssbonds sidechain
ssbond 0.5
ou
ssbond off
Afficher ou masquer les liaisons faibles entre atomes de soufre (qui lient les boucles de la chaîne).
select all
backbone off
spacefill off
wireframe 0.2
color cpk
Réinitialiser

Références

>Les gonadotropines FSH, LH et choriogonadotropine CG www2.cndp.fr
La page n'est plus fonctionnelle mais présente des informations sur la structure de cette famille de molécules