Fichier utilisé: 1GCN de la Protein Data Bank.

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Vous pouvez entrer les commandes dans la fenêtre de l'applet et presser la touche "Entrée", ou cliquer sur le bouton "Execute" (vous pouvez placer plusieurs commandes à la suite, si vous les séparez par des points-virgules). Alternativement, vous pouvez utiliser la console de l'applet (agrandissez la fenêtre de l'applet; la console se déplace dans la fenêtre de l'applet en la saisissant par sa barre supérieure).

Aide sur le langage de commande.

Commandes N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le cuseur souris de bas en haut.

En cliquant (dans l'ordre !) sur les liens de la colonne de droite vous exécuterez les commandes affichées dans la colonne de gauche.
wireframe off
backbone 0.3
color shapely
Bien que la chaîne d'acides aminés constituant le glucagon soit ici enroulée, cette représentation est la plus proche de ce qui peut être appelé structure primaire (c'est à dire la séquence d'acides aminés).

Sont en rouge : ASP, GLU, en jaune : CYS, MET, en bleu : LYS, ARG, en orange : SER, THR, en gris-bleu : PHE, TYR, en cyan : ASN, GLN, en gris clair : GLY, en vert : LEU, VAL, ILE, en gris foncé : ALA, en magenta : TRP, en bleu pâle : HIS, couleur chair : PRO.
show sequence La séquence s'affiche dans la fenêtre de commande de Rasmol (pour voir le résultat de cette commande dans Jmol, il faut d'abord ouvrir la console :
le glucagon est une toute petite protéine constituée de 29 acides aminés.
NH2-His Ser Gln Gly Thr Phe Thr Ser Asp Tyr Ser Lys Tyr Leu Asp Ser Arg Arg Ala Gln Asp Phe Val Gln Trp Leu Met Asn Thr-COOH
select all
label off
backbone off
cartoon on
color structure
La structure secondaire de la molécule apparaît : en raison des propriétés de la liaison peptidique, le squelette de la molécule dessine le plus souvent une hélice (cette hélice α est en rose). Le glucagon est constitué d'une seule hélice α.
cartoon off
color white
dots on
L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire.
select all
dots off
wireframe 0.2
color cpk
Réinitialiser l'affichage.

Références