Fichier utilisé: 1GCN de la Protein Data Bank.

Pour vous faciliter la visualisation, nous vous proposons d'ouvrir l'applet dans une nouvelle fenêtre: cliquez ici. La visualisation Jmol fonctionne sous tout système Java. Vous aurez peut-être à donner votre autorisation pour l'ouverture de cet applet . Soyez patient pour le chargement (surtout la première fois).

Ouvrez la console de l'applet par le lien qui précède ou en affichant le menu de commande de l'applet par un clic droit sur sa fenêtre, puis en choisissant l'option console de ce menu (elle s'ouvre dans une nouvelle fenêtre). Vous aurez à donner ou redonner votre autorisation pour l'exécution du premier script de cette page (les scripts sont lancés par les liens).

Les commandes sont à taper dans la partie inférieure de la console, (vous pouvez placer plusieurs commandes sur la même ligne, si vous les séparez par des point-virgules).

Aide sur le langage de commande.

Commandes N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le cuseur souris de bas en haut.

En cliquant (dans l'ordre !) sur les liens de la colonne de droite vous exécuterez les commandes affichées dans la colonne de gauche.
wireframe off
backbone 0.3
color shapely
Bien que la chaîne d'acides aminés constituant le glucagon soit enoulée, cette représentation est la plus proche de ce qui peut être appelé structure primaire (c'est à dire la séquence d'acides aminés).
Sont en rouge : ASP, GLU, en jaune : CYS, MET, en bleu : LYS, ARG, en orange : SER, THR, en gris-bleu : PHE, TYR, en cyan : ASN, GLN, en gris clair : GLY, en vert : LEU, VAL, ILE, en gris foncé : ALA, en magenta : TRP, en bleu pâle : HIS, couleur chair : PRO.
show sequence
La séquence s'affiche dans la console (si vous l'avez ouverte!) : le glucagon est une toute petite protéine constituée de 29 acides aminés:
NH2-His Ser Gln Gly Thr Phe Thr Ser Asp Tyr Ser Lys Tyr Leu Asp Ser Arg Arg Ala Gln Asp Phe Val Gln Trp Leu Met Asn Thr-COOH
backbone off
cartoon on
color structure
La structure secondaire de la molécule apparaît : en raison des propriétés de la liaison peptidique, le squelette d'une protéine dessine le plus souvent une hélice (ici, cette hélice α est en rose). Le glucagon est constitué d'une seule hélice α.
cartoon off
color white
dots on
L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire.
dots off
wireframe 0.2
color cpk
Réinitialiser

Références