La molécule d'insuline est constituée de deux chaînes (il s'agit du fichier 2HIU de la Protein Data Bank, simplifié, car il représente à l'origine 12 chaînes complexées : les molécules d'insuline s'associent souvent en complexes de 4 à 12 chaînes).



Entrez la commande ci-dessus et pressez la touche "Entrée", ou cliquez sur le bouton "Execute" (vous pouvez placer plusieurs commandes à la suite, si vous les séparez par des points-virgules). Alternativement, vous pouvez utiliser la console de l'applet (la console se déplace dans cette fenêtre en la saisissant par sa barre supérieure).

Aide sur le langage de commande.
Commandes N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le cuseur souris de bas en haut.

En cliquant (dans l'ordre !) sur les liens de la colonne de droite vous exécuterez les commandes affichées dans la colonne de gauche.
wireframe off
backbone 0.3
color shapely
Bien que la chaîne d'acides aminés constituant l'insuline ne soit pas déroulée, cette représentation est la plus proche de ce qui peut être appelé structure primaire (c'est à dire la séquence d'acides aminés).

Sont en rouge : ASP, GLU, en jaune : CYS, MET, en bleu : LYS, ARG, en orange : SER, THR, en gris-bleu : PHE, TYR, en cyan : ASN, GLN, en gris clair : GLY, en vert : LEU, VAL, ILE, en gris foncé : ALA, en magenta : TRP, en bleu pâle : HIS, couleur chair : PRO.
show sequence

sans la console:
select nitrogen
label %[group]
La séquence s'affiche dans la fenêtre de commande de Rasmol (pour voir le résultat de cette commande dans Jmol, il faut d'abord ouvrir la console en utilisant le lien présent sous l'applet)  :
GLY ILE VAL GLU GLN CYS CYS THR SER ILE CYS SER LEU TYR GLN LEU GLU ASN TYR CYS ASN
et
PHE VAL ASN GLN HIS LEU CYS GLY SER HIS LEU VAL GLU ALA LEU TYR LEU VAL CYS GLY GLU ARG GLY PHE PHE TYR THR PRO LYS THR

sans la console: on sélectionne les atomes d'azote (car il n'y en a qu'un par acide aminé) et on restreint le nom au groupe (l'acide aminé)
select all
label off
backbone off
cartoon on
color structure
insuline (Rasmol)
La structure secondaire de la molécule apparaît : en raison des propriétés de la liaison peptidique, le squelette de la molécule dessine le plus souvent une hélice (cette hélice α est en rose). Combien d'hélices pour la chaîne A ? pour la chaîne B ?
cartoon off
color white
dots on
L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire. Comme la plupart des protéines, l'insuline est globuleuse (patientez, ce script demande beaucoup de calculs).
backbone 0.3
color chain
Cette coloration met en évidence les deux chaînes d'acides aminés constituant la protéine. Nous allons répondre à la question : comment les deux chaînes sont-elles associées ?
dots off
backbone 0.3
select cys
color cpk
wireframe on
spacefill 0.8
insuline (Rasmol)
Les atomes des acides aminés cystéine sont grossis rapport au reste de la molécule (sauf les hydrogènes non représentés); chaque cysténine a pour particularité de posséder un atome de soufre (ici coloré en jaune). Comment sont-ils disposés ?
set ssbonds sidechain
ssbonds 0.4
ou
ssbonds off
Afficher ou masquer les liaisons faibles entre atomes de soufre (qui lient les deux chaînes).
select all
backbone off
spacefill off
wireframe 0.1
color cpk
Réinitialiser l'affichage.

Références

Coulais J.-M.. Etude de l'insuline en première S avec le logiciel Rasmol. Lycée de la Venise Verte. Académie de Poitiers. www.ac-poitiers.fr/svt/activite/jmc/insuline/